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초기 연금술사들이 그리스 철학으로부터 얻어 온 생각은 아리스토텔레스의 4원소설과 영(靈)에 대한 스토아학파의 개념이었다. 아리스토텔레스 사후 에피쿠로스학파와 스토아학파가 등장한다. 두 학파의 철학은 자연 현상을 이해하려는 근본적 이유는 같았지만, 제안한 물리 이론들은 서로 매우 달랐다. 에피쿠로스 학파는 데모크리토스의 원자설을 받아들였다. 에피쿠로스는 물질의 성질이 원자들의 모양, 배열, 위치뿐 아니라 그 무게에 의해서도 결정된다고 믿었다.

에피쿠로스 학파가 물질의 원자설을 수용한 반면에, 스토아학파는 물질이 연속되어 있다고 믿었다. 물질은 수동적인 것과 능동적인 것의 두 개의 요소로 조성되어 있으며 능동적인 요소를 영(vital sprit)이라고 하며, 생기와 수동적 물질이 결합하면 특별한 성질을 가지는 물질을 생성한다고 하였다. 또 영을 식물이나 동물 같은 복잡한 구조를 서로 결합시켜주는 성질이라고 설정하였으며, 실제로 우주 자체는 일종의 영으로 가득 차 있다고 가정하였다. 영에 대한 스토아학파의 생각은 일부 연금술사들에 의하여 받아들여졌다.

신플라톤주의는 플로티노스(Plotinus, 205~270)에 의해서 만들어졌으며 철학과 신비주의의 중요한 체계였다. 신플라톤주의자들은 토트의 저술로 생각되는 이전의 이집트 저술을 수집하는 것이 의무였다. 토트는 그리스인들이 자신들의 신인 헤르메스와 같다고 확인한 이집트의 신이었다. 유럽인들이 이런 신플라톤주의자들의 헤르메스 저술을 발견하자, 그들은 처음에는 그것들이 모세 시대의 이집트에서부터 유래하였다고 생각하였으며 그것들에 대한 저자를 ‘헤르메스 트리스메기스토스 (Hermes Trismegistos)로 추정하였다.

헤르메스 저술은 알렉산드리아의 연금술과 그 후의 유럽의 연금술 그리고 과학에 큰 영향을 주었다. 그것에 들어있던 생각들 중에는 어떤 수의 조합이 신비적 성질을 가지며, 별이 인간의 행동에 영향을 미칠 수 있다는 것도 포함되어 있었다. 헤르메스 저술에 나타난 마술 세계의 비밀은 소수에게만 공개되었다. 흔히 연금술을 ‘헤르메스 기술’이라고 하는 것은 헤르메스 저술의 영향 때문이며, 여기에서 ‘헤르메스 봉인’이라는 말도 생겼다.